慢性咳嗽的原因很多，常见病因有咳嗽变异性哮喘、上气道咳嗽综合征、嗜酸粒细胞性支气管炎、胃食管反流性咳嗽和过敏性咳嗽。这几种疾病共占慢性咳嗽病因的70%～95%。
另外，慢性支气管炎、支气管扩张症、气管支气管结核、药物性咳嗽(血管紧张素转换酶抑制剂是一种降压药，常引起咳嗽)、支气管肺癌和心理性咳嗽等也可以引起慢性咳嗽。
查找慢性咳嗽的原因是临床诊断和给予正确治疗的重要方面。
医生会仔细询问患者的病史，包括耳鼻喉咽部情况，是否有鼻炎、鼻-鼻窦炎或鼻息肉等;消化系统疾病的症状，如是否有反酸、烧心、呃逆、胃肠胀气等;以及职业和生活环境的暴露情况，如粉尘或潮湿的环境、烟雾、宠物、纺织品加工等;是否吸烟，有没有二手烟接触等;高血压病的用药史;以及在咳嗽之前是否有上呼吸道感染(病毒或细菌)的情况等。
上述这些情况，患者都需要提供给医生，为寻找慢性咳嗽的病因提供依据。
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