不能使用75%酒精大量喷洒做空气消毒，尤其密闭空间内。空气中乙醇浓度>3.3%会导致火灾甚至爆炸。
不能使用含氯消毒剂消毒金属台面、物表或皮革制品。因为会致表面腐蚀甚至损毁。
不能使用消毒剂直接进行人体消毒。人吸入消毒剂后会刺激气道导致咳嗽，甚至破坏上皮细胞导致呼吸道粘膜受损。
使用消毒液喷洒后需擦拭。单纯化学作用起不到彻底消毒的作用，事倍功半。
使用含氯消毒剂消毒后需清洁物表。不及时清除已杀灭的病原体，环境采样易致假阳性，物表也会残留难以去除的印迹。
使用消毒剂浓度不宜过高或过低。消毒剂具有一定的刺激性和腐蚀性，浓度过高不仅会损坏物体，还可能会对人体健康产生危害；浓度过低达不到应有的消毒效果。
不同类型消毒剂不可混用。不同类型的消毒剂混合使用可能产生拮抗作用，影响原有的消毒效果，如季胺盐类消毒剂与肥皂或 84 消毒液同时使用，酸碱中和失去消毒剂活性；甚至有可能产生化学反应造成危害。
洗衣液中不能加消毒剂。洗涤过程中大量水稀释，加消毒剂其实起不到消毒作用，含氯消毒剂还会腐蚀破坏洗衣机内胆。
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